Oi Rafael.
Conseguiu resolver? Como bem disse a Karen e o Bruno... é necessário você avaliar com a SEFAZ do estado em questão para saber como tratar este assunto do ponto de visto de processo de negócio. Para então avaliar quais são as opções em termos de sistema seja pra anular a operação e como fazer o reporte para o SPED.
Se for o caso por favor encerre a thread dando um feedback se já deu uma solução para o assunto.
Grato
Eduardo Chagas